隨著稅務機關(guān)“精簡機構(gòu)、下放權(quán)力、加強監(jiān)管、改善服務”改革的不斷推進，企業(yè)所得稅優(yōu)惠備案制度得到全面落實。即企業(yè)自行判斷符合稅收優(yōu)惠條件的，可以自行享受稅收優(yōu)惠待遇，自行履行備案手續(xù)。納稅人自行繳納后，稅務機關(guān)根據(jù)備案材料進行審核，并實施后續(xù)管理。這給納稅人帶來了便利，他們也要承擔更多的責任，面臨更大的稅務風險。
企業(yè)所得稅優(yōu)惠全部實行備案制。取消所得稅優(yōu)惠項目的審批，意味著稅務機關(guān)的工作重心將從事前審批轉(zhuǎn)向事中事后監(jiān)管。納稅人能否享受、如何享受優(yōu)惠，很大程度上取決于自我判斷、自我計算、自我申報。對于一些稅收優(yōu)惠(如稅收條約中的優(yōu)惠待遇和特殊重組等。)，因為可以依賴的具體文件并不完全詳細，包含很多主觀判斷和不確定性，納稅人需要仔細分析。此外，納稅人除了掌握稅收政策外，還需要運用一定的技術(shù)專長進行判斷。企業(yè)如果自身判斷和計算不正確，或者未能保存足夠、合格的參考資料，或者留存的參考資料與實際生產(chǎn)經(jīng)營、財務會計、相關(guān)技術(shù)領(lǐng)域、行業(yè)、目錄、資質(zhì)證書不一致，將面臨涉稅風險。
備案制實際上增加了企業(yè)的風險。備案制度的核心是提交信息形式的完整性，無需實質(zhì)審查。在審批制下，稅務機關(guān)為企業(yè)申請稅收優(yōu)惠，檢查企業(yè)是否符合優(yōu)惠條件，需要提供哪些信息，享受優(yōu)惠的期限等。，而稅務機關(guān)提供保姆服務。即使稅收優(yōu)惠應用不當，只要納稅人不編造虛假信息，稅務機關(guān)就要承擔責任。備案制下，上述情況全部由納稅人自行判斷核對，所有材料都要提交填寫。納稅人即使不編造虛假信息，也可能因為誤解而享受不到稅收優(yōu)惠政策，反而享受了本不該享受的稅收優(yōu)惠，受到稅務機關(guān)的處罰，不僅要補繳稅款、滯納金和罰款，還涉嫌稅務刑事處罰。
企業(yè)對備案材料的真實性、合法性負責。備案稅收優(yōu)惠對納稅人提交的信息不改變納稅人真實性負責。如果發(fā)現(xiàn)任何問題，如提供虛假信息，企業(yè)應該負責。同時，享受所得稅優(yōu)惠的企業(yè)必須在年度匯算清繳前完成備案手續(xù)。企業(yè)一旦因未在年度匯算清繳前完成備案而享受優(yōu)惠，稅務機關(guān)不僅會責令企業(yè)限期備案，還會要求企業(yè)在深圳無地址注冊，并提交留存材料備查。企業(yè)經(jīng)審查不符合稅收優(yōu)惠政策條件的，將補繳稅款并計算滯納金；即使符合稅收優(yōu)惠政策的條件，也將根據(jù)稅收征管法的相關(guān)規(guī)定進行處罰。
備案制下的后續(xù)管理更嚴格、更規(guī)范。目前，國家稅務總局要求加強納稅評估、稅務稽查、稅收風險防控等后續(xù)管理。比如新政策要求年檢覆蓋率不低于20%。但是，從實際操作層面來看，這方面存在很多問題。有些企業(yè)對生產(chǎn)費用和R&D費用的內(nèi)部管理不規(guī)范，虛增勞務費用，虛增抵減折舊費用，多支出其他費用等。R&D費用沒有輔助賬戶，相關(guān)材料準備不充分。企業(yè)要加強日常管理，與相關(guān)部門密切配合，有準確的會計準則。R&D費用有項目，有專用賬戶和憑證，經(jīng)得起稅務檢查。
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